A sua pergunta é muito comum e já tivemos oportunidade de tratar sobre esse assunto (veja aqui). A diferença entre a bíblia católica e a bíblia protestante é que naquela católica há 7 livros do Antigo Testamento que não existem na versão protestante. Esses livros são:
* Tobias
* Judite
* Sabedoria
* Eclesiástico
* Baruc
* 1 Macabeus
* 2 Macabeus
(além de trechos de Ester e Daniel - Ester 10,4-16,24; Daniel 3,24-90; 13-14).

Responder a sua pergunta significa entender porque esses livros não entraram na bíblia protestante. É importante dizer que se entendemos bíblia protestante como aquela pensada por Lutero, não é verdade que esses livros não estavam ali. Lutero os traduziu para o alemão, mas os colocou como um anexo, chamando-os de “apócrifos”. O mesmo lutero relativisou o valor também de outros livros como a Carta aos Hebreus, Carta de Tiago, Carta de Judas e o Apocalipse, mas esses livros não foram excluídos da bíblia protestante.

Deixando de lado a discussão sobre os livros do Novo Testamento, a questão sobre os 7 livros excluídos (ou inseridos!) do Antigo Testamento é muito antiga; é da época da igreja nascente, do primeiro século da era cristã.

Esses 7 livros foram escritos em grego e faziam parte da versão chamada “setenta”, que é uma tradução da bíblia hebraica para o grego, feita aproximadamente 200 anos antes de Jesus, no Egito. Essa versão da Bíblia continha todos os livros em hebraico do Antigo Testamento, traduzidos em grego, e também os 7 livros em questão. A comunidade cristã, no início, quando ainda não existiam os escritos do Novo Testamento, usava essa bíblia. O mesmo conjunto de livros era usado pelos judeus. Todavia, os judeus, em 89 depois de Cristo, fizeram um concílio e nessa época decidiram excluir da própria Bíblia os 7 livros em questão. O critério que motivou tal exclusão foi sobretudo a língua: os livros não eram escritos em hebraico e por isso não podiam ser considerados inspirados. Os cristãos, apesar disso, continuaram por sua estrada, usando tais livros.

É preciso, contudo, ter presente que a Bíblia não foi sempre a mesma durante os séculos. A lista dos livros que fazem parte dela foi definida durante os séculos e trata-se de um processo lento, concluído somente no período da Reforma, com Lutero e o Concílio de Trento. Foi nesse período que Lutero decidiu seguir a decisão dos judeus e invés a igreja católica, conforme as decisões do Concílio de Trento, seguiu a tradição, continuando a inserir na própria bíblia os 7 livros. A definição desta lista (chamada cânon) está intimamente ligada com o tema da inspiração, ou seja, saber se a obra escrita é inspirada ou não por Deus. Se é inspirada entra no cânon, caso contrário fica fora.