Diante de fatos milagrosos contados pela Bíblia podem existir duas atitudes, uma protagonizada pela fé e outra pela ciência. A fé vê nesses eventos a manifestação da glória de Deus, a força do seu poder e a eficácia dos seus planos. A ciência lê as páginas que contam essas histórias, ao invés, tentando explicar com seus instrumentos as razões pelas quais tal evento aconteceu.

Muitos cristãos tentam harmonizar essas duas visões e, na maioria das vezes, acontece uma mistura pouco feliz. É assim com os milagres em geral, mas também com as narrações dos primeiros capítulos da Bíblia. Acho que você, com a pergunta que faz, está influenciado por essa tendência, não negativa em si, de tentar entender cientificamente as coisas narradas pela Bíblia.

O tema que você põe recorda a guerra de Josué contra os 5 reis amorreus que queriam detruir Gabaon, como contado por Josué 10. Diante da ameaça, os gabaonitas pediram a ajuda de Josué para combater contra os amorreus. E assim contam os versículos 7-14:

7 Então Josué subiu de Guilgal, levando todo o pessoal de guerra e todos os guerreiros valentes. 8 Javé disse a Josué: «Não tenha medo deles, que eu os entregarei em suas mãos, e nenhum deles conseguirá opor resistência a você». 9 Josué partiu de Guilgal e, depois de ter marchado a noite toda, atacou de surpresa os reis.
10 Javé dispersou os inimigos diante de Israel, causando-lhes uma grande derrota em Gabaon; e os perseguiu até o caminho da subida de Bet-Horon, derrotando-os até Azeca e Maceda.
11 Enquanto eles estavam fugindo diante de Israel, na descida de Bet-Horon, Javé mandou do céu uma forte chuva de pedras grandes, que matou os inimigos até Azeca. Morreu mais gente por causa da chuva de pedras do que pela espada dos israelitas.
12 No dia em que Javé entregou os amorreus aos israelitas, Josué falou a Javé e disse na presença de Israel: «Sol, detenha-se em Gabaon! E você, lua, no vale de Aialon!» 13 E o sol se deteve e a lua ficou parada, até que o povo se vingou dos inimigos. No Livro do Justo está escrito assim:
«O sol ficou parado no meio do céu e um dia inteiro ficou sem ocaso.
14 Nem antes, nem depois houve um dia como esse, quando Javé obedeceu à voz de um homem.
É porque Javé lutava a favor de Israel».

A última frase testemunha toda a mensagem do texto: Javé estava com seu povo, com o seu líder, Josué. A presença de Deus é marcada por eventos espetaculares, como o sol e a lua que param.

Cientificamente, hoje sabemos que não seria o sol que para, mas é, invés a terra que deveria parar, pois é ela que dá voltas entorno do sol. Foi uma questão já discutida no tempo de Galileu Galilei e definida já no Renascimento, com a teoria que sublinha a centralidade do sol: ele está no centro do sistema e os astros giram em volta dele. Já essa constatação deveria nos alertar para que não julguemos a bíblica do ponto de vista científico. Sob esse aspecto, ela é filha do seu tempo. De fato, os escritores transmitiram palavras divinas em base à cultura daquele tempo, com os instrumentos que tinham a disposição: a Bíblai é palavra de Deus escrita por mãos humanas. Hoje nós sabemos muito mais sobre os astros do que os escritores bíblicos, que queriam simplesmente transmitir a verdade sobre Deus e não nos dar informações científicas.

Não sabemos o que aconteceu realmente com Josué em relação ao sol e lua. Temos que confiar na potência divina e ficar com a mensagem que ele acompanha seu povo. Naquele período o "acompanhar" era através da guerra, coisa absurda para a nossa concepção; outro sinal evidente de como a Bíblia é filha do seu tempo. Fica para nós a mensagem de quanto Deus está próximo de quem o ama.

Concluindo, não é possível relacionar o evento milagroso contado por Josué com o erro dos cálculos feitos em relação ao calendário definido por expertos que estabeleceram princípios para a contagem dos dias, segundo os calendários que usamos até hoje, que logicamente não são os mesmos usados então.