Uma grande parte do Novo Testamento é constituída por textos enviados como correspondência às comunidades ou líderes cristãos que viviam em diferentes partes do Império Romano.
Embora os dois termos que você menciona sejam sinônimos, alguns sublinham uma pequena diferença entre eles. A carta é algo mais pessoal, escrita diretamente a uma pessoa ou comunidade, sem uma finalidade ulterior. A epístola, ao invés, visa um público mais amplo; tem como objetivo não somente aquele público imediato, mas gostaria de ser difundida a toda os cristãos. Ou seja, a epístola era uma carta que tinha a ambição de ser amplamente difundida.
Sob esse ponto de vista, alguns dizem que os escritos de Paulo parecem mais com cartas, escritas de maneira pessoal a um grupo ou até mesmo a pessoas. Apesar disso, se difundiram e se tornaram epístolas por causa do carisma e da autoridade que Paulo ganhou como apóstolo de Cristo.
Conciliando as interpretações, poderíamos dizer que os escritos do Novo Testamento, que nasceram como correspondência, em suas origens, são cartas. Com o tempo e o difundir-se do cristianismo, tornaram-se epístola, pois são destinadas a todos nós que seguimos a Cristo.