A sua pergunta tem a ver com um tema muito vasto e com diferentes níveis de significado, sopretudo se consideramos o contexto do Evangelho de João, onde aparece a frase citada (Jo 3,5). Esse Evangelista ama usar imagens as quais dá um significado cada vez mais profundo, quase querendo educar quem lê e escuta a aprender a recolher na realidade e na história aspectos novos, superando o nível mais superficial.

Isso acontece também com a palavra "água"("Ydor" em greco) que aparece muitas vezes no IV Evangelo. Particularmente em algumas passagens o evangelista usa esta imagem para ilustrar a sua importância para a vida cristã, mas sempre se apoiando a um significado típico, presente no resto da Bíblia, isto é, aquile ligado à criação, à vida (nos primeiros capítulos do Gênesis, sobre as águas, parava o Espírito de Deus, que Ele domina dividendo-a e dando a elas confins precisos) e à purificação (sopretudo física, como elemento de higiene, mas que assume também um significado de purificação espiritual). No milagre das Bodas de Canã (Jo 2), Jesus transforma água em vinho, um grande "sinal"através do qual Ele se apresenta como aquele que, transformando a água em vinho, tem o poder sobre ela, um poder re-criador, ou seja, poder de dar vida nova, de qualidade excelente (o vinho).

As bodas de Canã são ligadas ao texto do qual você fala. Trata-se do diálogo entre Jesus e Nicodemos, que, tendo intuído que atrás da poder de Jesus de fazer tais "sinais"existe na verdade um relação especial entre Jesus e Deus, vai ter com ele de noite, para escutá-lo. Nesse momento Jesus abre o argumento sobre o nascimento "do alto" como experiência necessária para ver o Reino de Deus. Nicodemos não entende e responde falando da impossibilidade de um homem já ancião de entrar no seio materno para nascer uma segunda vez. Jesus porém responde convidando Nicodemos a fazer um salto de nível de compreensão: o nascimento do qual falava não é físico, mas do alto, ou seja, "da água e do espírito"(no grego, língua original da narração, temos "ex ydatos kai pneumatos"). Dessa forma água e espírito formam um binômio inseparável na prospectiva da salvação, como se se dissesse: é necessário renascer do alto, isto é, da água com a qual, na qual está o espírito (de Deus). Também em outro lugar na Bíblia encontramos a relação entre água e espírito de divino: em Ezequiel 36,25-27, ao povo infiel que se manchou com os piores pecados, Deus, como ato de amor sem medida e misericordioso, não pune, mas dá o dom da purificação e da vida nova, rendendo-o capaz de ser fiel a Ele e corresponder al seu amor.
Todavia Joâo quer ainda insistir sobre a relação que existe entre Jesus e esta água: no capítulo seguinte, o capítulo 4, um outro encontro, aquele com uma mulher samaritana, revela que é Jesus que dá essa água. Fica claro que Ele não dá a água material, mas aquela da "vida", isto é, que vive, que borbulha sem nunca terminar (em grego é "ydor zon") e mais adiante, em 7,38, Jesus chama, gridando, quem tem sede a beber dele assim que a mesma água nasça como um rio de quem ficou saciado. No final, quando o mistério do dom da vida de Jesus se consuma e ele "entrega o espírito" (Jo 19,30), do seu peito sai água misturada com o seu sangue (19,34) e o dom da água viva e plenamento realizado.

O mistério da água que dá vida, da água que faz renascer do alto, vem do alto da cruz. Derramar o sangue é dar a vida nova, é recolocar os anciãos no ventre da mãe.
No mistério da água que dá a vida, através da morte de Jesus, Paulo, escrevendo aos Romanos trinta anos antes que João escrevesse o seu Evangelho, já havia visto a morte do cristão e a seu renascer na água do Batismo, "por meio do Batismo fomos sepultos juntos a Ele na morte, por que como Cristo ressuscitou... também nós podemos caminhar em uma vida nova"(Rm 6,4).