Você disse bem, pois não podemos pensar que exista um Deus bom do Novo Testamento e um mau do Antigo; Deus é o mesmo, pela eternidade. Aquilo que muda, no curso da história, é a compreensão que nós temos de Deus. E a Bíblia testemunha essa mudança, o progresso da compreensão de quem é Deus.
Para entender bem essa dinâmica, primeiro de tudo precisamos ter consciência que Deus escolheu um povo e caminhou com ele, revelando-se para que fosse um sinal para todos os outros povos. A revelação se deu na história desse povo, aos poucos, com a "paciência" de Deus, que, como um pedagogo, pega seu escohido pela mão e, como se ensina a uma criança, aos poucos revelou a sua essência. Os pais não podem mudar a cabeça de uma criança de uma hora para a outra. Por exemplo, as crianças, por causa das conjunturas próprias da infância, pensam que no escuro tem um bicho papão; aos poucos aprendem que não é assim. Os hebreus, por causa do contexto em que viviam, pensavam que Deus era um general, que combatia com eles, responsável por tudo de ruim que acontecia com os inimigos, desde castigos como a morte. Aos poucos descobrem que não é bem assim e vão crescendo na compreensão de quem Ele é.
É verdade que lemos nos livros históricos, ou também na história contada em Êxodo, como você recorda na pergunta, fatos atrozes, onde o autor sagrado atribui o protagonismo a Deus. Lembremos que a Bíblia não é uma coisa ditada, mas autores que com a própria experiência de fé colocam por escrito aquilo que sentiam. Por isso, o que se diz deve ser contextualizado, segundo a compreensão daquele autor, da cultura e do tempo em que vivia.
A própria Bíblia se dá conta da dificuldade que alguns textos históricos podem provocar. Um dos últimos livros do Antigo Testamento, Sabedoria, presente somente nas bíblicas católicas, nos ensina que não foi Deus quem fez a morte e nem tem prazer em destruir os viventes (Sb 1,13.24). Ao contrário, “Deus é Aquele que ama a vida” (Sb 11,20). E ao recontar a história do que Deus fez com o seu povo (Sb 10-19), o Livro da Sabedoria nos ensina que Deus agiu com moderação contra os antigos habitantes da terra santa que praticavam coisas detestáveis, ritos execráveis, banquetes canibalescos, etc. Estes foram expulsos para que a terra recebesse uma digna colônia dos filhos de Deus... Mesmo assim Deus tratou os inimigos da terra com indulgência... Deus dava tempo para a conversão (cf. Sb 12,3-11).
Essa leitura mostra já uma evolução da compreensão de quem é Deus e de como ele trata o inimigo.
Por outro lado, não podemos pensar em um Deus "bonista", que por causa da sua bondade, está sempre "fechando um olho" para o que é mal. Deus é juiz! Não exatamente no sentido que julga nossas ações como um carrasco. O seu ser bom é parâmetro para o nosso comportamento e somos julgados por aquilo que fazemos, em base à bondade divina.
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