Pedro morreu por que era um cristão, que no tempo de Nero, em um momento particular, eram perseguidos e acusados de terem incendiado a cidade.
A perseguição dos cristãos no Império Romano consistia em atos de intolerância popular agressiva e na convicção de que a religião cristã era um crime contra o Estado, com a consequente condenação dos fiéis da nova religião. Apesar disso, muitos proclamaram a sua fé aceitando a prisão, a tortura, a deportação e até a morte. Embora o número das pessoas mortas não ser fácil de determinar, ´ e provável que houveram milhares de mártires.
Todavia, é verdade que Inicialmente, as autoridades locais não procuravam ativamente os cristãos; as suas comunidades continuaram assim a crescer, encontrando um novo vigor no culto dos mártires. Foram os imperadores Décio, Valeriano e Diocleciano que começaram uma perseguição mais deliberada, procurande erradicar o cristianismo.
Em 311 Galério emitiu o Édito de Serdica que concedeu aos cristãos o perdão, mais tarde confirmado por Constantino, que concedeu ao cristianismo o estatuto de religião lícita ("Édito de Milão") em 313, e assim os cristãos passaram a ser religião dominante.
Pereseguição de Nero
Os primeiros 50 anos, após a morte de Jesus, foram basicamente calmos, exceto durante o período de Nero. Os cristãos, muitos vindos do próprio judaísmo, tiveram seus primeiros confrontos com os judeus, que não suportavam a presença incômoda e crescente desta nova religião, considerada uma seita de incrédulos. Mas os magistrados romanos, a quem se dirigiram numa tentativa de remover aqueles rivais irritantes, não estavam interessados em disputas teológicas das quais não entendiam nem a essência nem as subtilezas, e por isso consideraram apropriado limitar-se a verificar se essas disputas não conduziam a perturbações da ordem pública. Nesta situação, embora na semi-clandestinidade, os cristãos começaram a expandir-se.
A primeira perseguição, durante o reinado de Nero, em 64, é descrita pelo historiador latino Tácito e deveu-se à busca de um bode expiatório para o grande incêndio de Roma: "Este incêndio causou uma breve mas forte perseguição por parte de Nero, que contava, antes de mais nada, em usar os cristãos como bodes expiatórios e também para suprimir esta 'superstição perniciosa'"
Parece que Nero tentou, com todos os meios, aliviar o sofrimento das vítimas da catástrofe e dos desabrigados, oferecendo hospitalidade inclusive nos jardins imperiais, construindo abrigos temporários, distribuindo grãos e alimentos e empenhando-se na reconstrução imediata. Mas, aos olhos do povo, Nero ainda era o assassino de seu irmão, da esposa e da própria mãe, um ser desprezível. O povo comum acreditava que tal indivíduo poderia ser capaz de qualquer crime, incluindo a destruição de Roma. Por causa da suspeita que a gente tinha em relação a ele, Nero tinha que inventar uns culpados. Segundo Tácito, primeiro aqueles que confessaram teriam sido presos e depois, conforme a denúncia desses, muitos teriam sido condenados à morte.
Tácito descreve as torturas a que os cristãos foram submetidos por Nero: "E os que morreram também foram escarnecidos, cobertos com peles de animais, para que morressem despedaçados pelos cães, ou postos em cruzes e incendiados, para que, ao cair do dia, ardessem como tochas noturnas".
Várias fontes cristãs atestam que os apóstolos Pedro e Paulo sofreram o martírio em Roma precisamente nessa perseguição. Em particular, segundo estas fontes, Pedro foi crucificado, enquanto Paulo foi decapitado.
