Olá Anthony de Porto Alegre!
Não caberia uma resposta à sua pergunta neste site bíblico. A realidade é outra. Em todo caso, algumas considerações sobre o fato. Existem situações e situações. Cada uma teria em si uma resposta.
No caso de uma pessoa ter entrado na Igreja num horário em que a Igreja esta vazia e a pessoa arrotar, por um motivo ou outro, não implicaria em atrapalho nenhum, pois não estariam pessoas em oração. Embora permaneça sempre a ideia de que a Igreja e um lugar sagrado e de respeito.
No caso em que na Igreja esteja acontecendo uma cerimônia religiosa, com a comunidade presente. Neste caso não seria nada prudente, muito menos educado arrotar. Causaria entre as pessoas uma mal estar considerável. Além do desrespeito pelo lugar que é de oração e sagrado.
Portanto: Nada educado por parte da pessoa que arrota na Igreja criando uma situação de mal estar com as pessoas presentes.