Paulo morreu em Roma, decapitado. Esse foi o culmine de um processo bem complicado, de vários anos, que começou em Jerusalém. Podemos percorrer alguns traços dessa façanha graças àquilo que se lê em Atos dos Apóstolos, a partir do capítulo 21,15. Paulo chega a Jerusalém e é acusado de ensinar contra o povo de Israel, contra a Lei e o templo. Além disso, o acusam de ter introduzido um não-judeu no templo, coisa que levava à pena de morte. A partir desse momento começam os problemas para Paulo.

Precisamos considerar que em Jerusalém havia um governo religioso, que mantinham as leis comportamentais e, ao mesmo tempo, um governo civil, formado pelos romanos, que respeitavam as práticas religiosas, mas ao mesmo tempo não davam muita importância para as questões próprias dos judeus, deixando-os se arranjarem. Os judeus que acusaram Paulo queriam que os romanos o condenassem. Quando isso estava para acontecer, Paulo revelou aos soldados romanos que ele também era um cidadão romano, um privilégio muito grande que fazia com que ele não pudesse ser julgado por qualquer pessoa e nem castigado sem um processo (Atos 22,22-29).

Como em Jerusalém havia apenas uma base militar romana, estando a sede da administração na cidade litorânea de Cesareia, ele é levado prisioneiro para lá. Os judeus foram para acusá-lo diante do governador romano, que era Félix. Esse, porém, não pronunciou uma sentença, mas também não libertou o apóstolo. Manteve-o prisioneiro, mas lhe concedeu uma certa liberdade (Atos 24,23). Tendo morrido esse governador, veio outro chamado Porcio Festo e foi realizado um novo processo contra Paulo. Já haviam passado 2 anos do primeiro processo. Paulo se defendeu: “não cometi falta alguma contra a Lei dos judeus, nem contra o templo, nem contra César” (Atos 25,9). É visitado inclusive pelo Rei Agripa nesse período. No final das contas ele apela par César, que está em Roma.

Esse pedido de Paulo representa a tentativa de subtrair-se de uma jurisdição local que já tomou partido contra ele de maneira parcial, sem considerar a sua inocência. Ele finalmente embarca para a capital do império (Atos 27). É uma viagem que leva bastante tempo e Paulo até mesmo sofre um naufrágio, em Malta, onde passa três meses. E Lucas termina Atos dos Apóstolos dizendo que Paulo chega na cidade eterna e conclui assim:

Paulo ficou dois anos inteiros na moradia que havia alugado. Recebia todos aqueles que vinham visitá-lo, proclamando o Reino de Deus e ensinando o que se refere ao Senhora Jesus Cristo com toda a intrepidez e sem impedimento.

São os historiadores que contam que Paulo foi condenado à morte durante o império de Nero, decapitado: era uma pena reservada aos romanos. Pedro, por exemplo, que não era cidadão romano e também morreu nessa cidade, foi crucificado.

A morte de Paulo coincide com o período da perseguição de Nero contra os cristãos. Muitos cristãos morreram nesse período.