Marcello, pergunta interessante. 1Sm 15 é uma história de obediência e punição: Saul recebe uma ordem de Deus por meio de Samuel, mas não é capaz de cumprir-la. A ordem era: Purnir os amalecitas, condenando-os "ao anátema com tudo o que lhes pertence", isto é, matando "sem piedade homens e mulheres, crianças e recém-nascidos, bois e ovelhas, camelos e jumentos."Saul combate contra os amalecitas, "mas Saul e o povo pouparam Agag e tudo o que havia de melhor do gado miúdo e garúdo, os animais gordos e as ovelhas, enfim, tudo o que havia de bom não quiseram incluí-lo no anátema"(v. 9). Samuel então é encarregado por YHWH de dizer que Ele se arrependeu de ter dado a realeza a Saul, pois não executou Sua ordem.

Essa narração tem um papel importantíssimo na história da monarquia de Israel. Nos capítulos 9 a 15 o protagonista é Saul, mas a partir do capítulo 16 aparece Davi. Portanto a história do capítulo 15 prepara o caminho para Davi. Saul, o primeiro rei de Israel, é rejeitado por YHWH e Samuel deve escolher um novo rei, Davi. O mais importante não é em si a desobediência de Saul, mas a consequência dessa desobediência, que em prática será a subida de Davi ao poder.

A sua pergunta, Marcello, tem a ver com o "anátema". A palavra hebraica é "herem". Esse vocábulo é usado em 3 modos diferentes. No contexto profético significa o ato de estermínio. No contexto sacerdotal se trata do sacrifício que é dado a YHWH quando se paga uma promessa. Na história deuteronomística, da qual 1Samuel faz parte, é o objeto que tem que ser eliminado, como diz Deuteronônio 7,1 e 13,18. YHWH promete que quando o povo entrerá no país de Israel todos os inimigos serão vencidos e deverão ser exterminados completamente, sem piedade. Além disso existe uma questão aberta com os amalecitas.Em Deuterônomio 25,17-19 se diz que quando Israel estará em paz com os inimigos dentro de Israel deve vingar-se deste povo, por que Amelek, em Êxodo 17,8ss, ataca Israel sem nenhum motivo, quando o povo escapava do Egito.
É importante sublinhar que o conceito de guerra santa, completamente ausente na teologia cristã, é invés presente no Antigo Testamento. A guerra é vista no AT como uma execução do juízo de Deus contra as nações que não se convertem.

Aquilo que impressiona na história da desobediência de Saul é o seu arrependimento, ou melhor, a indiferença do profeta Samuel, e de YHWH, diante do pedido de perdão de Saul. Nós temos na Bíblia diversas histórias de pecado e de arrependimento. As mais clássicas têm Davi como protagonista. Lembramos sobretudo quando Davi manda Uria na primeira fila de uma guerra para que morra e possa assim casar-se com sua mulher (2Sm 11). Davi é denunciado pelo profeta Natã. Ele, porém, se arrepende e tem como pena a morte do filho. Mas o arrependimento de Saul não muda a idéia de YHWH: Saul perde definitivamente o trono. Isso não parece muito histórico, pois YHWH vê sempre com bons olhos o arrependimento. Por essa razão podemos duvidar da historicidade daquilo que a Bíblia diz sobre Saul. Ela apresenta Saul em dependência da história de Davi. Portanto não sabemos se realmente as coisas aconteceram dessa forma como conta 1Sm 15. Provavelmente o autor bíblico colocou esse episódio nessa posição para justificar a escolha de Davi. O mais importante para o autor bíblico é a obediência a Deus. Saul se justifica dizendo que sacrificou a YHWH os animais conquistados. Mas para a Bíblia a obediência é melhor do que o sacrifício (1Sm 15,22).

Por último lembro que 1Sam 30 conta como Davi consegue executar a ordem que Saul não obedece. Davi vence e elimina todos os amalecitas.

Respondendo, em uma frase, à sua pergunta, diria que Saul não eliminou completamente os amalecitas por que a narração bíblica precisava de uma razão para a subida de Davi ao trono.