Nenhum livro foi excluído da Bíblia, pois ela não nasceu como um único livro, mas é formada por vários textos independentes e que devagarinho foram agrupados em um único volume, tal como temos hoje em nossas casas. Os 73 livros da bíblia católica, ou os 66 da bíblia protestante, foram escritos em um período de aproximadamente 1000 anos; por volta do ano 900 antes de Cristo apareceram os primeiros textos do Antigo Testamento e só lá pelo ano 100 depois de Cristo foi escrito o último livro do Novo Testamento. Portanto os primeiros cristãos não tinham em mãos a Bíblia como temos hoje. Só mais tarde foi possível recolher todos os livros em um único volume e formar a Bíblia.

O processo que conduziu à formação da Bíblia é complexo. Primeiro de tudo é preciso dizer que os livros que aparecem nas diferentes Bíblias estão ali porque foram considerados como inspirados, divinos, pelos respectivos grupos que defendem tais bíblias. A lista de livros que forma cada uma das bíblias é chamada Cânon. Existe o cânon católico, aquele protestante e ainda outros. O cânon é fruto de uma decisão que foi tomada em um determinado período histórico. Os judeus, por exemplo, definiram a lista oficial dos livros da sua Bíblia somente cerca do ano 100 depois de Cristo. Aceitaram como inspirados apenas os livros escritos em hebraico e por isso na Bíblia Hebraica, que coincide com o nosso Antigo Testamento, não encontramos livros escritos em grego, tais como Tobias, Judite, 1 e 2 Macabeus, Sabedoria, Eclesiástico e Baruc e mais alguns trechos de Daniel, Ester e Jeremias. Esses 7 livros já existiam no tempo de Cristo, mas a discussão para saber se eram inspirados ou não ainda não havia terminada. Os cristãos demoraram muito tempo para estabelecer a sua lista (cânon). Em linhas gerais, quanto ao Antigo Testamento, foram aceitos os 39 livros definidos pela lista dos judeus e ainda os 7 livros apenas citados, escritos em grego. Quanto aos livros do Novo Testamento, a discussão foi veemente no que se refere sobretudo aos livros do Apocalipse e da Carta aos Hebreus, mas com o tempo também eles entraram na lista e assim se formou o conjunto de 27 livros. Todavia, para exemplificar o problema, no final do Século IV uma parte considerável da Igreja Oriental utilizava um Novo Testamento que continha apenas 22 livros, onde não compareciam as cartas 2Pedro, 2 e 3João e Judas e também o Apocalipse. A decisão final da igreja católica foi tomada somente no Concílio de Trento, em 1546. Essa lista contém 46 livros no Antigo Testamento e 27 no Novo Testamento. As igrejas ortodoxas orientais fixaram a sua lista no sínodo de Jerusalem, em 1676 e é praticamente igual àquela católica. Porém em 1950, o santo sínodo da igreja ortodoxa acrescentou a esta lista os livros 3Macabeus, 4Macabeus e o salmo 151. Os cristãos da Etiópia incluem no Novo Testamento Sínodo, Livro da aliança, três cartas de Clemente e a Didascalia. Os protestantes, por sua vez, nuncam tomaram uma decisão sobre a sua lista. Isto por que não têm uma autoridade universal capaz de falar em nome de todos os ramos. Porém, normalmente, nas edições modernas são excluídos do Antigo Testamento os livros que não fazem parte da Bíblia Hebraica: Tobias, Judite, 1 e 2 Macabeus, Sabedoria, Eclesiástico e Baruc. Os protestantes chamam esses livros de apócrifos e os católicos os denominam deuterocanônicos, para diferenciar dos protocanônicos, que entraram por primeiro no cânon. Para os católicos os apócrifos, invés, são livros que não foram incluídos na Bíblia. Esses são chamados de pseudo-epígrafe pelos protestantes. O Novo Testamento dos protestantes, invés, é idêntico aquele dos católicos e consta de 27 livros. Feita a soma, como já dissemos acima, a Bíblia católica tem 73 livros enquanto aquela dos protestantes tem 66.
A questão dos livros que compõe a Bíblia protestante é uma questão complicada. Existem diferentes edições da Bíblia e normalmente, sobretudo aquelas mais populares, não trazem os 7 livros citados. Porém existem outras edições, sobretudo mais científicas, que colocam os 7 livros no fim do Antigo Testamento. Essa é uma prática que tem raízes no pai da reforma, Lutero. Na sua bíblia em alemão, de 1534, ele inseriu os 7 livros em questão entre os dois testamentos com a seguinte observação: "Apócrifos: estes são livros que não são considerados Sagrada Escritura, mas são igualmente úteis e bons para ler". Tais livros foram invés completamente excluídos das edições somente no século XIX, pelas Sociedades Bíblicas.
Quanto ao Novo Testamento, como já dito, as edições atuais dos católicos e protestantes coincidem, inclusive a ordem é igual. Não era assim na versão de Lutero. Ele classificou os livros do Novo Testamento de acordo com sua importância. Nesse caso atribuiu uma importância menor a Hebreus, Tiago, Judas e Apocalipse, que, portanto, foram colocados no final da sua bíblia. Com o tempo, porém, as reservas de Lutero não foram mais consideradas e hoje os protestantes, em geral, não colocam em questão o valor dos escritos do Novo Testamento.

Provavelmente você gostaria que falássemos um pouco dos apócrifos (pseudo-epígrafes segundo os protestantes), livros que não foram excluídos da Bíblia, mas sim, não foram incluídos. É necessário distinguir entre apócrifos do Antigo Testamento e apócrifos do Novo Testamento. Eles são numerosos. Do Antigo Testamento temos livros como Enoch, 3 e 4 Esdras, o Salmo 151, Jubileus, Testamento dos 12 patriarcas, Vida de Adão e Eva, Apocalipse de Moisés e outros; são livros cujo o conteúdo não abrange o âmbito do Novo Testamento. Sobre eles curiosamente não existem polêmicas e quase não conhecemos a sua existência. Invés, graças a inúmeras campanhas através dos meios de comunicação, às vezes sem nenhum fundamento científica, conhecemos diversos livros apócrifos que tratam de temas inerentes ao Novo Testamento. Porém esses livros não podem ser considerados da mesma forma. Há livros importantes, escritos até mesmo no primeiro século da era cristã, que são fundamentais para conhecer a vida da igreja nascente. São apócrifos como Pastor de Hermas, Didascalia, Carta de Barnabé, Carta 1 e 2 de Clemente, Constituíções Apostólicas e Evangelho de Pedro. Mas não são esses os livros apócrifos dos quais escutamos falar frequentemente nas reportagens escandalosas. Normalmente os apócrifos em questão são aqueles ligados com o gnosticismo, uma seita do início do cristianismo, tais como o Evangelho de Maria Madalena ou o Evangelho de Tomás.
Falando brevemente, os gnósticos diziam possuir conhecimentos secretos. Esse conhecimento lhes ensinava, por exemplo, que existiam dois deuses, um completo, visível no Novo Testamento e outro imperfeito, que deriva do Antigo Testamento. Este ambiente produziu muita literatura, a partir do II século depois de Cristo. A maior parte dos apócrifos do Novo Testamento tem origem nesse movimento. Obviamente a igreja nunca aceitou tal doutrina e nem mesmo os seus escritos, pois profundamente influenciados por suas idéias filosóficas e evidente longe da verdade histórica. De qualquer forma a leitura de tais obras é interessante, mas deve ser feita dentro de uma ótica que tenha presente esse contexto. É completamente errado pretender fundar teses históricas baseados em tais obras.

Para uma lista dos apócrifos, consulte wikipédia