Apesar de sua pergunta conter algumas dúvidas infundadas sobre a narração bíblica, trata-se de uma questão inteligente.

A história da transfiguração é contada pelos 3 evangelhos sinóticos (Mateus 17, 1-8; Marcos 9,2-8 e Lucas 9,28-36). O história contado por Mateus diz assim:
Seis dias depois, tomou Jesus consigo a Pedro, e a Tiago, e a João, seu irmão, e os conduziu em particular a um alto monte, e transfigurou-se diante deles; e o seu rosto resplandeceu como o sol, e as suas vestes se tornaram brancas como a luz. E eis que lhes apareceram Moisés e Elias, falando com ele. E Pedro, tomando a palavra, disse a Jesus: Senhor, bom é estarmos aqui; se queres, façamos aqui três tabernáculos, um para ti, um para Moisés, e um para Elias. E, estando ele ainda a falar, eis que uma nuvem luminosa os cobriu. E da nuvem saiu uma voz que dizia: Este é o meu amado Filho, em quem me comprazo; escutai-o. E os discípulos, ouvindo isto, caíram sobre os seus rostos, e tiveram grande medo. E, aproximando-se Jesus, tocou-lhes, e disse: Levantai-vos, e não tenhais medo. E, erguendo eles os olhos, ninguém viram senão unicamente a Jesus.

A história em Marcos é a mesma. Em Lucas, porém, há alguns elementos novos: enquanto Jesus conversa com Moisés e Elias, os discípulos dormiam. Todavia, depois vêem os dois homens. Além disso os dois personagens, na conversa com Jesus, falam de seu êxodo que se consumaria em Jerusalém. Parece, portanto, que em Lucas não importa tanto quem são as duas pessoas que conversam com Jesus. É como se o fundamental fosse a oração que Jesus faz e como nela lhe è revelada a sua sorte. Em Mateus o acento é colocado sobre a figura de Jesus como o novo Moisés, que dá a Nova Lei, sobre o Tabor, que é colocado em relação com o Sinai. Em Marcos, invés, a mensagem principal é a revelação de Jesus e a passagem serve para confirmar aquilo que o autor do Evangelho já tinha dito no episódio do batismo: de fato, também na transfiguração aparece uma voz que diz Este è o meu filho amado; ouvi-o, como no batismo.

Essa é a síntese teológica das 3 passagens que contam o evento da transfiguração. Não temos por que duvidar que o fato realmente tenha acontecido. Provavelmente os detalhes podem ser inventados e usados para reforçar a mensagem teológica que cada evangelho quer transmitir. E aqui falo do aspecto interessante que podemos tratar a partir da sua pergunta.
Os evangelhos são históricos, pois falam de um Jesus histórico, que viveu e cujas ações foram contadas até chegarem a ser escritas pelos evangelistas. Mas ao mesmo tempo os evangelhos não são apenas história. Mais que isso: são teologia, catequese. Cada evangelista tem uma mensagem precisa, é destinado a uma comunidade, e tem em mente um público determinado. Muitos detalhes históricos são menosprezados, pois, em si, os evangelhos não são historiografia, no sentido moderno da palavra.
Portanto, quando lemos os fatos contados nos evangelhos, não podemos absolutamente nos fixar somente nas questões históricas. É necessário transcender aos fatos e desvelar a mensagem escondida em cada narração.

Quanto às suas perplexidades, lendo com atenção a narração, os discípulos vêem os dois personagens. Apenas em Lucas os discípulos dormem, mas mesmo assim, em certo momento, acordam e podem ver os dois homens que estão com Jesus. O fato que eles tenham reconhecido Elias e Moisés, que viveram muito tempo antes de Cristo, pode ser justificado pela razão que existia uma imagem coletiva sobre essas duas figuras. Mas, sublinho, não devemos nos concentrar nestas questões, que, embora podendo ser matéria de estudo, não são determinantes para entender a mensagem que o autor sagrado quis transmitir.