A diferença entre as duas Bíblias está no fato que alguns livros presentes na bíblia católica não existem na bíblia protestante. São 7 livros do Antigo Testamento:
- Tobias
- Judite
- Sabedoria
- Eclesiástico
- Baruc
- 1 Macabeus
- 2 Macabeus
Além desses livros há trechos de Ester e Daniel também ausentes nas bíblias protestantes.
- Ester 10,4-16,24;
- Daniel 3,24-90; 13-14.
Esses textos são considerados apócrifos pelos protestantes. Eles não constam da Bíblia Hebraica, formada pelo Antigo Testamento. A razão básica por que não estão presentes na Bíblia Hebriaca é porque foram escritos em grego, enquanto todos os outros livros do Antigo Testamento foram escritos em hebraico.
Lutero, no tempo da Reforma optou por seguir, em relação ao Antigo Testamento, o cânon da Bíblia Hebraica e deu origem, dessa forma, as diferenças existentes hoje.