Na Bíblia as atividades de Pedro são contadas até o momento em que ele freqüentava a comunidade de Jerusalém, conforme está escrito no livro dos primeiros capítulos de Atos dos Apóstolos. Em Atos 12,17 lemos: "Depois saiu, e foi para outro lugar". Essa é a última atividade que conta a Bíblia sobre Pedro. Não sabemos, porém, nem o motivo por que Pedro deixou Jerusalém, nem para onde ele foi.

A tradição retém que ele foi para Roma, onde sofreu o martírio. Essa história, porém, não é contada pela Bíblia. Existem, contudo, uma boa base história dessa hipótese. A primeira testemunho da presença de Pedro a Roma vem de Clemente, que, escrevendo aos gregos de Corinto, diz que "Pedro, que por iníqua inveja, teve que suportar inúmeras penas, deu testemunhança e assim alcançou o lugar reservado a ele na glória". Provavelmente Clemente fala do período da perseguição de Nero contra os cristãos, por volta dos ano 65 depois de Cristo. Clemente, porém, não diz como Pedro morreu. Outros indícios da presença de Pedro em Roma podem ser encontrados numa carta de Inácio de Antioquia aos romanos. Há ainda uma referência no livro Ascensão de Isaías, que foi escrito por volta do ano 100 depois de Cristo. Nos anos sucessivos os textos que falam de Pedro (e Paulo) em Roma se multiplicam.

Sobre o modo como Pedro foi martirizado, temos um texto do historiador Eusébio, que cita Origenes, segundo o qual Pedro foi crucificado com a cabeça para baixo. O texto de Eusébio diz: "Em Roma, Pedro foi crocificado com a cabeça para baixo, forma de martírio que ele mesmo tinha considerado justa". Eusébio fala também das sepulturas de Pedro e Paulo: "Eu poderia mostrar-vos os túmulos dos apóstolos; se vêm ao Vaticano ou à Via Ostiense, encontrarão os sepulcros daqueles que ergueram a nossa igreja."