Você, na primeira parte da pergunta, diz uma grande verdade: Deus é "Deus conosco". De fato a Bíblia, através do profeta Isaías, diz que o Messias se chamará Emanuel, cuja tradução é "Deus conosco"(Isaías 7,14 e Mateus 1,23). Em Cristo, Deus encarnado, temos a evidência plena de como Deus se faz presente. Aliás toda a Bíblia mostra a atuação de Deus e a melhor maneira de descubri-la é ler e refletir a palavra de Deus. Certamente a atuação de Deus não parou quando foi escrito o último livro bíblico; ele age hoje, na história, em nossas vidas.

Às vezes é difícil perceber a presença de Deus e perscrutar a sua ação. Os evangelhos e pessoas inspiradas na história do cristianismo ensinam que Deus se faz presente sobretudo por meio dos pobres. Eu diria que se faz presente na justiça e os pobres clamam por justiça. É por isso que neles encontramos facilmente a presença de Deus. Nós católicos acreditamos na presença divina no sacramento da eucaristia.

Costumamos dizer que Deus se afasta de nós quando pecamos. Na verdade isso não acontece. Já no Antigo Testamento, ensina a teologia hebraica, Deus era presente com o povo também no exílio. Portanto facilmente a pessoa se afasta de Deus, mas ele continua conosco.

Gosto de lembrar, tratando desta temática o texto que narra o encontro de Elias com Deus. Ele é profundo e pode nos ajudar a descobrir como Deus se revela. Transcrevo aqui o texto de 1Reis 19,11-13, quando Elias tenta perceber onde está Deus:
E eis que Yahweh passou. Um grande e impetuoso furacão fendia as montanhas e quebrava os rochedos diante de Iahweh, mas Iahweh não estava no furacão; e depois do furacão houve um terremoto, mas Iahweh não estava no terremoto; e depois do terremoto um fogo, mas Iahweh não estava no fogo; e depois do fogo, o ruído de uma leve brisa. Quando Elias o ouviu, cobriu o rosto com o manto, saiu e pôs-se à entrada da gruta.