O fato ao qual você se refere se encontra em 1Samuel 3. A partir do início do livro de Samuel sabemos que Ana, futura mãe de Samuel, era estéril, mas, em oração, pede a Deus um filho, uma situação que se repete muitas vezes na Bíblia (veja Isaac, Sansão, João Batista). Deus acolhe sua súplica e o filho, por causa do voto feito pela mãe, é levado para o templo, onde ficou servindo a Iahweh, na presença do sacerdote Eli.
Em relação à primeira questão, o texto bíblico diz: "Ora, um dia, Eli já estava deitado em seu lugar (...), a lâmpada de Deus não se tinha ainda apagado e Samuel estava deitado no santuário de Iahweh, no lugar onde se encontrava a Arca de Deus" (1Samuel 3,2-3). Por 3 vezes Iahweh chama Samuel. Ele se levanta e vai até Eli e pergunta: você me chamou? Eli lhe responde que não e ordena que volte a dormir. Na última vez Eli lhe diz: Se ti chamarem novamente, você responde: "Fala, Iahweh, pois o teu servo escuta".
Diante desta narração fica evidente que Eli, um sacerdote ancião, dormia nos seus aposentos e Samuel, estava no seu. Podemos imaginar, em linhas gerais, uma relação de mestre e discípulo. Outras interpretações seriam meras elocubrações.
Sobre a segunda pergunta, se aquele lugar era o Santo dos Santos, precisamos situar historicamente a história contado em 1Samuel e o templo.
O santo dos santos era a parte mais interna do templo de Jerusalém, onde era conservada a Arca da Aliança (Êxodo 26,34) na qual somente o Sumo Sacerdote podia entrar, uma vez por ano, na festa do expiação, no dia do Kippur.
O templo de Jerusalém foi construído por Salomão, o terceiro rei de Israel, depois de Saul e Davi. Saul e Davi são contemporâneos de Samuel; ambos foram ungidos pelo profeta. Todavia Samuel, se consideramos o aspecto histórico (cada um dos 3 reis reinou 40 anos), nunca viu o templo de Jerusalém, construído por Salomão. Por isso, o local onde estavam Samuel e Eli não podia ser o que tradicionalmente chamamos Santo dos Santos.
A sua pergunta, contudo, tem fundamento, pois os dois estavam na presença da Arca da Aliança, que era o sinal da presença de Deus, já desde o tempo do êxodo pelo deserto. É a mesma arca da Aliança que, mais tarde, será colocada no templo de Salomão. Há vários elementos literários no texto que ligam o santuário onde estão Samuel e Eli ao santuário de Jerusalém, mas isso simplesmente revela um aspecto teológico-redacional e não histórico.
Antes que o templo de Jerusalém fosse construído, existiam vários outros santuários em Israel. O processo que levou ao culto de Yahweh como único Deus é muito complexo e nem sempre bem considerado. Com certeza, na linha temporal, no tempo dos reis a cosciência da existência de um único Deus não era tão clara quanto é para nós hoje. Existiam vários santuários e, provavelmente, vários deuses. Aquele de Silo, onde está o sacerdote Eli, é um dos santuários existentes antes da construção de Salomão. Parece que foi nesse santuário que, no tempo dos juízes, foi deixada a Arca da Aliança (veja Josué 18). Foi destruído mais tarde (Jeremias 7,12), provavelmente pelos filisteus.
