Iomar, o incesto não foi o método de procriação, em nenhum momento da história humana. Todas as civilizações o condenaram, desde há muito tempo. E na Bíblia não é diferente; eventuais casos de incestos são claramente condenados (veja uma resposta sobre essa questão).
Em relação a sua pergunta, em nenhum momento o autor sagrado insinua que Caim praticou o incesto para dar origem à humanidade. A Bíblia diz simplesmente: "Caim conheceu sua mulher, que concebeu e deu à luz Henoc" (Gênesis 4,17). Com certeza não foi por escrúpulos que o autor evitou falar em incesto (teria tido filho com Eva, sua mãe?). De fato fala tranquilamente de incesto, condenando-o, na história de personagens como Ló, Jacó, Judá, Rubens... Com caim não fala de incesto porque não houve.
Normalmente, quando lemos a história da criação, colocamos um óculos errado. As crianças brincam colocando diante dos olhos um plástico amarelo: veem, então, todo o mundo amarelo. As nossas dificuldades na intrepretação da história do Gênesis pode ser comparado à brincadeira das crianças: pensamos que a descrição da criação na Bíblia é histórica e aí procuramos ler tudo com a nossa concepção de história. Adão e Eva não são personagens históricos, mas mitológicos. É uma narração antiga, paralela a outras existentes no Oriente, mas feita por pessoas de fé, que com essas histórias exprimem a própria convicção que foi Deus-Yaweh o autor da criação.
Como já disse em outra oportunidade, os primeiros capítulos do Gênesis são textos antigos, que tentam interpretar, graças aos instrumentos disponíveis na época do autor e à inspiração divina, como surgiu a vida na terra. Quando a Bíblia fala que Caim conheceu sua mulher, da qual nasceu Henoc, não significa que na história desse homem existiam somente seus pais. Caim não é histórico, no sentido moderno, mas um símbolo: construtor da primeira cidade, pai dos pastores, dos músicos, dos ferreiros e das prostitutas, expressões da comodidade urbana e, talvez por isso, amaldiçoado.
Leia, por favor, as outras respostas, presentes neste site, inerentes ao tema da criação.