Lara, não tem nenhuma diferença. Pode ser um recurso que as editoras usam para distinguir as próprias edições. Antigamente era mais comum a capa preta, pois as cores não eram ainda usadas nas impressões dos livros. Hoje, nas editoras, usar o preto significa economizar, enquanto que as cores representam o uso de material mais caro.

Não pare na aparência, mas veja o texto. Lembre-se sempre, antes de comprar uma edição da Bíblia, de ver quem escreveu, que conteúdo extra traz. Uma bíblia que não traz indicações da equipe que traduziu ou que é pobre de material extra provavelmente é fruto de algum trabalho realizado há vários anos. Hoje a exegese fez muito progresso e as traduções recentes tem muitas vantagens ausentes em edições antigas. Uma edição bíblica com notas, introduções e apêndices é muito útil para uma leitura inteligente. As edições bíblicas vendidas de porta em porta, com grandes desenhos, além de serem caras, na maioria dos casos são textos antigos e com pouco valor exegético.

É importante lembrar que a versão da bíblia que temos em mãos é sempre uma tradução. Por isso é importante prestar atenção no momento de escolher qual comprar, qual versão usar.