Na Bíblia não existe notícia da morte de Pedro. Existe apenas uma referência indireta à morte do apóstolo, em João 21,18-19. Nessa passagem Jesus diz a Pedro: 

Quando eras jovem, tu te cingias e andavas por onde querias; quando fores velho, estenderás as mãos e outro te cingirá e te conduzirá aonde não queres. Disse isso para indicar com que espécie de morte Pedro daria glória a Deus.

Através da Bíblia podemos somente saber que ele era casado, morava em Cafarnaum, onde era pescador, juntamente com André, seu irmão, Tiago e João de Zebedeu. Depois segue Jesus e se dedica, após a sua morte e ressurreição, a propagar a Palavra de Deus.

Sabemos que por volta do ano 64-67 depois de Cristo o Imperador Nero perseguiu de forma brutal os cristãos. A tradição diz que durante essa perseguição foram assassinados os apóstolos Pedro e Paulo, em Roma. Há inclusive diversas igrejas que lembram locais onde Pedro teria vivido e dado a sua vida pelo Reino. Mas os únicos documentos que falam sobre isso são os textos apócrifos, sobretudo um livro que se chama "Atos de Pedro".

Esse livro conta que, depois de muitas conversões realizadas em Roma pela pregação do apóstolo, alguns decidiram prendê-lo. Ele então preferiu escapar. Enquanto fugia, na Via Appia, encontrou Jesus, que carregava uma cruz. Então Pedro perguntou a Cristo: "Domine, quo vadis?" (Senhor, onde vai?). Ele teria respondido: "Vou para roma para ser crucificado uma outra vez". 
Depois desse encontro, Pedro entendeu que era chegada a sua hora e voltou para Roma, para ser crucificado no lugar de Cristo.

Pedro, então, vai preso (Prisão chamada "Carcere Mamertino"), com Paulo. 

Finalmente , segundo o que dizem Jerônimo, Tertuliano, Eusébio e Origem, foi crucificado de cabeça para baixo, a seu pedido.