Infelizmente não sei responder à sua pergunta, visto que se trata de um argumento sociológico. Porém o número enorme de igrejas é um dado de fato e caracteriza um pecado, pois na Bíblia a unidade é uma meta (veja João 17,21) e, enquanto não é alcançada, alguma coisa não está conforme os planos de Deus.

Para que possa ter uma resposta objetiva à sua questão, sugiro que procure em algum site de sociologia da religião. Sei que o ISER (veja o link) trata desse assunto, mas não encontrei nenhum texto concreto no seu site.

Abaixo, transcrevo uma notícia que encontrei no site do bispos católicos (CNBB "“ Regional Sul I), publicaco em 02/02/2007:
Brasília, 30 jan (RV) - O Brasil (maior país católico do mundo) é também o país com a maior presença das seitas evangélicas e pentecostais: são 24 milhões de fiéis, com forte presença social e até mesmo força política, pois estão representados no Congresso federal por 30 deputados.

Os dados emergem de uma ampla pesquisa realizada pela agência norte-americana "World Christian Database" e divulgados nesta segunda-feira, com dados relativos a 2006. Em comparação, nos Estados Unidos _ de onde provêm as seitas, todas oriundas do Metodismo _ os pentecostais são 5 milhões e 800 mil, e na Nigéria, pouco menos de 4 milhões.

No Brasil, ao invés, as seitas _ cujos nomes aparecem como Igreja Universal do Reino, Renascer em Cristo, ou Assembléia de Deus _ se multiplicaram de maneira capilar nos estratos menos favorecidos da população, como fenômeno local.

O sucesso das seitas no Brasil está ligado, em grande parte, a uma crise do Catolicismo e à "decadência moral" da sociedade em geral.

O termo "seita" é polêmico. No passado podia significar uma linha de pensamento dentro de uma religião, sem que existisse necessariamente conflito entre os dois grupos. Mais tarde passou a ser um vocábulo usado pelo grupo dominante para desprestigiar a minoria. Dessa forma a igreja católica começou a nomear os valdeses e os muçulmanos sunitas aos xiitas. A etimologia da palavra è discutida. Pode vir das palavras latinas seco (cortar, dividir) ou sector, que reforça a palavra sequor que significa "seguir". Em si a palavra latina secta quer dizer uma "escola filosófica" ou um "grupo religioso". Portanto o valor negativo da palavra apareceu em seguida. Creio que, como disse acima, enquanto houver "seitas" (separaçãos) haverá também pecado cometido, em igual medida, por dois grupos, por aquele que se separa e por aquele de onde vêm os "separados".