A sua preocupação é muito sadia, pois lhe permite abrir os olhos e se questionare sobre a Palavra de Deus na sua vida, sem deixar que a sua leitura se torne fundamentalista. Como você, há muita gente que se aproxima da Bíblia e não consegue entender tudo. Não se assuste e continue lendo. 

Para lhe ajudar no seu percurso, dou 4 breves conselhos.

1. Não comece lendo trechos complicados da Bíblia, como o Apocalipse, por exemplo,  ou como passagens históricas complexas do Antigo Testamento. Comece lendo passagens simples, tais como os evangelhos. Se quiser uma indicação mais direta, siga o conselho da Ombretta, dado em outra ocasião.

2. Não se assuste com gestos estranhos dos personagens bíblicos, sobretudo com ações que nós hoje consideramos moralmente impróprias, como os assassinatos feitos no Antigo Testamento em nome de Deus. Lembre-se que a revelação é progressiva: os personagens do Antigo Testamento não tinha a clarevidência que temos hoje, depois da revelação trazida por Cristo.

3. Lembre-se que a Bíblia é Palavra de Deus escrita por homens. Isso significa que aquilo que encontramos na Bíblia não é um ditado de Deus, mas leitura feita por pessoas, em uma determinada época, das experiências de fé por elas vividas. Por isso é muito importante considerar o contexto em que nasceu o texto que você está lendo. Estudar o ambiente do texto é fundamental para interpretar a passagem.

4. Não se limite ao texto. Após a sua leitura, confronte as notas de rodapé, leia introduções (se você tem uma boa versão da Bíblia, antes de cada livro encontra uma introdução e à base do texto encontrará notas que dão algumas indicações), converse com outras pessoas sobre aquilo que leu e lhe deixou intrigado e nunca dogmatize a sua posição diante do texto; ela pode não ser aquela correta.

Veja aqui outros princípios para a a leitura da Bíblia.