É um assunto muito comum aqui no site. Veja aqui algumas respostas.
A questão não é tão simples como pode aparecer através de certos juízos, como esse seu incluído na pergunta. Primeiro de tudo é importante contextualizar o seu argumento, que se encontra em Apocalipse 22,18-19:
A todo o que ouve as palavras da profecia deste livro, eu declaro: "Se alguém lhes fizer algum acréscimo, Deus lhe acrescentará as pragas descritas neste livro. E se alguém tirar algo das palavras do livro destar profecia, eus lhe tirará também a sua parte da árvore da Vida e da Cidade Santa que estão descritas neste livro!".
Trata-se de um esquema clássico, que constitui um modo de proteger o escrito sagrado contra eventuais falsificações (veja também Deuteronômio 4,2; 13,1; Provérbios 306 e Eclesiastes 3,14). No caso concreto de Apocalipse, se refere ao livro escrito por João, o último da Bíblia.
A história dos 7 livros presentes na Bíblia Católica e ausentes daquela Protestante (Tobias, Judite, Sabedoria, Eclesiástico, Baruc, 1 e 2 Macabeus) não há relação com uma eventual deturpação da Bíblia. No tempo de Cristo esses livros faziam parte da Bíblia usada pelos cristãos, a LXX, uma versão em grego dos livros originalmente escritos em hebraico que comprendia também os 7 livros apenas citados, cujo originais eram em grego. Essa versão do Antigo Testamento nasceu cerca de 2 séculos antes de Cristo, no Egito. O 7 livros escritos em grego, invés, não foram admitidos pelos judeus, que fixaram a lista dos próprios livros bíblicos (o cânon) por volta do ano 90 depois de Cristo. Os cristãos, porém, continuaram usando os 7 livros. Foi só cerca de 1500 anos depois, na época da Reforma protagonizada por Lutero, que se tomou a decisão que vigora ainda hoje: Lutero decidiu compor a própria Bíblia, em relação ao Antigo Testamento, como aquela dos judeus enquanto que os católicos (concílio de Trento), afirmaram que os 7 livros faziam parte oficialmente da Bíblia. Desse momento criou-se a diferença entre as duas versões da Bíblia.