A menção ao Antigo Testamento feita se referia à Bíblia Hebraica, ou seja, aos livros escritos originariamente em hebraico. O conjunto desses livros coincidem com o Antigo Testamento da bíblia protestante, mas não com o Antigo Testamento dos católicos ou dos ortodoxos, que incluiu livros originariamente escritos em grego e presente na tradução grega da Bíblia, conhecida como Setenta (LXX). Resumindo, da Bíblia hebraica, entre os manuscritos do Mar Morto, encontram-se textos particiais de todos os livros, exceto do livro de Ester.
A "Oração de Manassés" é um texto existente na Bíblia dos Setenta, escrito em grego, mas considerado como parte da Bíblia somente por algumas igrejas ortodoxas. Não tenho notícias da sua presença nos textos de Qumrãn.
Macabeus 3 e 4 são também livros escritos em grego que aparecem em algumas códigos da Setenta. Somente a igreja ortodoxa os considera como livros bíblicos. Na Bíblia católica existem o 1 e 2 Macabeus. Também desses livros não há textos em Qumrãn.
O Salmo 151 também se encontra na maior parte das cópias do texto grego da Setenta, mas é considerado como apócrifo pela maioria das confissões, exceto pela igreja ortodoxa, que o inclui como texto inspirado em sua bíblia. Alguns estudiosos dizem que desse salmo existem traços em Qumrãn. Trata-se do texto 11Q5,28. Não há uma conincidência entre os textos, mas os críticos literários defendem que o texto hebraico encontrado entre os escritos do Mar Morto está à base do Salmo 151.
Em relação a Esdras 1 e 2 é necessário ver o que se entende com essa denominação, pois há um pouco de confusão quanto à terminologia usada para designar esses livros. De qualquer forma podemos dizer que não aparecem em Qumrãn.
Em muitas de nossas versões da bíblia aparecem os livros de Esdras e Neemias. Na tradução de Jerônimo para o latim (Vulgata) esses livros eram conhecidos como 1Esdras e 2Esdras, respectivamente. Há também um apócrifo chamado Apocalipse de Esdras, que em alguns momentos é dividido em dois livros, recebendo os nomes de 3 e 4Esdras.
Se você tiver interece, pode ver aqui um inventário completo dos textos presentes entre os manuscritos de Qumran. O site é em inglês, mas você pode ter uma ideia do conteúdo encontrado às margens do Mar Morto: http://khazarzar.skeptik.net/books/qumran/inv.htm#cave01
O papel da descoberta de Qumran em relação aos estudos bíblicos é uma questão muito complexa e merece ser aprofundada. Para quem tem interesse, a obra de Florentino García martínez e Julio Trebolle Barrera (Os Homens de Qumran) é uma excelente sugestão. O livro foi traduzido e publicado pelas Vozes em 1996.