Primeiro de tudo vamos esclarecer uma questão em relação ao uso da palavra "apócrifo".
Apócrifos, normalmente, é o termo que designa livros escritos há muito tempo, próximos ao tempo em que foram escritos os livros bíblicos, que falam de temas bíblicos, mas que não entraram na lista oficial dos livros Bíblicos, o Cânon. Há vários livros chamados apócrifos: Livro de Enoque, Evangelho de Judas, etc (veja uma lista detalhada nesse link).
Todavia, em ambiente protestante, muitas vezes "apócrifo" é utilizado, como no caso da sua pergunta, para designar os 7 livros presentes na Bíblia Católica e ausentes na Bíblia Protestante. Esses livros são: Tobias, Judite, 1 e 2 Macabeus, Sabedoria, Eclesiástico (ou Sirácide) e Baruc.
Os católicos e muitos biblistas, invés, referem-se a estes 7 livros usando o termo deuterocanônicos, isto é, que entraram no cânon em um segundo momento.
Quando entraram na Bíblia os 7 livros deuterocanônicos / apócrifos?
Na época de Cristo, os judeus já usavam a Bíblia, obviamente formada somente pelos livros do Antigo Testamento. Lendo o uso que os apóstolos fazem nos livros escritos por eles e outros autores, os livros do Novo Testamento, fica evidente que eles conheciam alguns desses 7 livros. Por isso, normalmente se diz que a Bíblia dos primeiros cristãos compreendia também esses 7 livros. Por isso, já na época de Cristo, esses 7 livros existiam na "lista" dos livros bíblicos.
Esses 7 livros foram escritos em grego, enquanto todo o resto do Antigo Testamento foi escrito em hebraico, exceto poucos trechos em aramaico. Por volta do ano 200 antes de Cristo, os judeus que viviam no Egito, exatamente em Alexandria, já não falavam e entendiam bem o hebraico. Por isso decidiram traduzir os textos em hebraico para o grego, que era a língua que normalmente usavam. Nessa edição da Bíblia, chamada LXX (Setenta) - pois teria sido traduzida por 70 anciões - além dos livros em hebraico, aparecem também os 7 livros mencionados. A idade da LXX é um pouco discutida e a sua origem tem uma cronologia flexível. Normalmente se coloca como data de 280 até 30, sempre antes de Cristo. Portanto, foi nessa época que os 7 livros (apócrifos ou deuterocanônicos) foram incluídos na lista de livros bíblicos.
Por que nas bíblicas protestantes e na Bíblia Hebraica eles não aparecem?
Basicamente, não aparecem nas bíblicas protestantes por que não são considerados , pelos judeus, como livros inspirados, essencialmente porque foram escritos em grego. Essa decisão foi tomada quase no fim do Primeiro Século, cerca de 50 anos depois da morte de Cristo. Alguns dizem que foi um modo para contrastar e diferenciar-se dos cristãos, que usavam a lista de livros conforme a LXX.
Depois de 1500 anos de uso da lista de livros conforme a LXX, Lutero, no XVI século, no período da Reforma, para o Antigo Testamento escolheu como lista oficial aquela que os judeus retém como canônica, embora tenha deixado esses 7 livros na sua própria bíblica, como um anexo. As publicações protestantes, até o século XIX seguiram esse costume e apenas recentemente têm deixado completamente de fora esses livros.
