Sobre os apóstolos as listas dadas pela Bíblia são as seguintes:

Mateus 10,2-4: Ora, os nomes dos doze apóstolos são estes: O primeiro, Simão, chamado Pedro, e André, seu irmão; Tiago, filho de Zebedeu, e João, seu irmão; Filipe e Bartolomeu; Tomé e Mateus, o publicano; Tiago, filho de Alfeu, e Lebeu, apelidado Tadeu; Simão o Zelote, e Judas Iscariotes, aquele que o traiu.

Marcos 3,14-19: E constituiu Doze (...) A Simão, a quem pôs o nome de Pedro, e a Tiago, filho de Zebedeu, e a João, irmão de Tiago, aos quais pôs o nome de Boanerges, que significa: Filhos do trovão; E a André, e a Filipe, e a Bartolomeu, e a Mateus, e a Tomé, e a Tiago, filho de Alfeu, e a Tadeu, e a Simão o Zelote, E a Judas Iscariotes, o que o entregou.

Lucas 6,13-16: Depois que amanheceu, chamou os discípulos e dentre eles escolheu doze (...):Simão, ao qual também chamou Pedro, e André, seu irmão; Tiago e João; Filipe e Bartolomeu; Mateus e Tomé; Tiago, filho de Alfeu, e Simão, chamado Zelote; E Judas, irmão de Tiago, e Judas Iscariotes, que foi o traidor.

Atos dos Apóstolos 1,13: E, entrando, subiram ao cenáculo, onde habitavam Pedro e Tiago, João e André, Filipe e Tomé, Bartolomeu e Mateus, Tiago, filho de Alfeu, Simão, o Zelote, e Judas, irmão de Tiago.

Segundo a lista de Lucas, no Evangelho e em Atos, Alfeu teve dois filhos entre os apóstolos: Tiago (também chamado Tiago Menor) e Judas (não o "traidor"). Esse irmão de Tiago em Mateus e Marcos é chamado de "Tadeu", sem menção à ligação com Tiago.

Até aqui parece não haver confusão. Porém você cita Marcos 2,14: E, passando, viu Levi, filho de Alfeu, sentado na recebedoria, e disse-lhe: Segue-me. E, levantando-se, o seguiu. A mesma informação se encontra em Mateus 9,9 e Lucas 5,27-28. Em Mateus invés de "Levi"o nome dado a este personagem é "Mateus". Tanto em Lucas quanto em Mateus não há referência ao seu pai, dito Alfeu em Marcos.

Normalmente os exegetas não põem este problema que você levanta. Os dicionários dizem que são duas pessoas diferentes, mesmo não existindo nenhum elemento que o prove. O único argumento contrário pode derivar das listas dos apóstolos citadas acima. De fato, se Mateus fosse irmão de outro apóstolo provavelmente esta informação estaria presente na lista dos apóstolos.