Não há nenhuma referência da morte do apóstolo na Bíblia. Ou seja, a Bíblia não fala quando, como e onde ele morreu.
Pedro foi crucificado em Roma, por volta do ano 64. Há várias testemunhaças escritas que falam sobre isso, mas todas fora da Bíblia. A tradição diz que ele teria sido crucificado de cabeça para baixo, pois teria pedido assim, por que não se julgava digno de morrer como Jesus. Alguns vêem em João 21,18 uma profecia de Jesus sobre o martírio do apóstolo: "quando fores velho, estenderás as mãos e outro te cingirá e te conduzirá aonde não queres".