Esse termo está muito em voga graças também à novela das 9 da Globo. Sem entrar no mérito da questão, certos usos inadequados provocam confusão na leitura da Bíblia.

A palavra "Babilônia" tem um sentido literal e outro figurativo.

Sentido histórico de Babilônia

Foi uma cidade muito importante até cerca de 500 anos antes de Cristo, na Mesopotâmia, atual Iraque. Foi uma cidade sagrada, desde tempos muito antigos e, especialmente para a Bíblia, foi a capital do Império Babilônico, a partir do ano 626 antes de Cristo. O povo da Bíblia sofreu com esse império e, finalmente, Jerusalém foi invadida por ele e o seu povo exilado na Babilônia. Não entro em detalhes, mas pode ver outras respostas que tratam melhor a questão, com referências bíblicas. Ou também, consultar informações na Wikipeia.

Sentido figurativo

Algumas realidades (livros bíblicos, denominações religiosas) acentuam um sentido figurativo desse substantivo, sublinhando um aspecto negativo, sinônimo do mal, contraposição do projeto divino. No Apocalipse, por exemplo, Babilônia é contraposta à Nova Jerusalém, a cidade de Deus. É algo que deve desaparecer, que impede o triunfo da obra salvífica de Cristo. Por isso é grande o anúncio da caída da "Babilônia, a grande" (Apocalipse 18), a grande prostituta, que "está sentada à beira de águas copiosas" (Apocalipse 17): "Babilônia, a Grande, a mãe das prostitutas e das abominações da terra".

Obviamente, esse sentido figurativo nasce das obras que Império Babilônico, cerca de 600 anos antes Cristo, realizou contra o povo de Deus, destruindo o Templo e conduzindo ao Exílio o povo escolhido por Deus.

Significado literal

Em relação à etimologia, Babilônia é uma palavra grega  (Βαβυλών), mas ao mesmo tempo é uma adaptação da palavra acádica Babili. O seu significado, em acádico, seria "porta de Deus". Em hebraico, na Bíblia, o seu nome é Babel (בלבל), que em Gênesis 11,9 é interpretada com o significado de "confusão" (torre de Babel), graças a uma ligação que o autor faz com o verbo bilbel (בלבל), que significa "confundir".

Reprodução da cidade da Babilônia