O assunto que você coloca é interessante e aconselho uma certa clarevidência para formular juízos. Faço apenas dois comentários, para dizer sinteticamente como é preciso ver as coisas sobre esse tema.
Apócrifos e livros inspirados
Henoc (ou Enoc, Henoque, Enoque) é um livro que se refere aos tempos do Antigo Testamento, escrito em hebraico. Ele não está na Bíblia Hebraica. Portanto nem mesmo os judeus o incluiram na sua Bíblia. Sob esse ponto de vista, poderíamos dizer que não foram os cristãos a não incluir-lo, mas os judeus. De fato a Bíbla Cristã Protestante tem os mesmos livros da Bíblia Hebraica, dos judeus. Os católicos têm 7 livros a mais, mas esses também eram tidos como "canônicos" por um grupo de Judeus (LXX - Veja a Setenta) e só por isso estão presentes na Biblia católica. De maneira um pouco supercial, poderíamos dizer que a lista dos livros do Antigo Testamento é herança da fé judaica.
É a comunidade que, principalmente através do uso, determinou como canônico um livro. Não se trata de uma decisão tomada dentro de quatro paredes, mas é fruto da vida da comunidade que usava, no dia a dia ,os livros que hoje formam a Bíblia. Foi esse uso, somando a convicção da inspiração do escrito, que fez com que um livro entrasse ou não la lista, no cânon bíblico.
Condenação da Igreja Católica
A igreja católica cometeu muitos erros e, para alguns, têm insesantemente pedido perdão. Outros erros ainda não foram admitidos, mas acredito que haja muita abertura para rever a própria história e, principalmente, não tornar a repetir os enganos de outrora.
A inquisição se refere a um período muito particular, do final da Idade Média. Não tem a ver com a composição do cânon, estebelecido praticamente nos primeiros séculos da vida cristã, excetuando a discussão com Lutero no Concílio de Trento, no século XVI.
Até o Concílio de Trento não existiam Católicos e Protestantes: eram unidos. Portanto, tudo o que aconteceu antes faz parte também da história dos protestantes, assim como dos católicos. É um erro grande negar o próprio passado, mesmo por que um cristianismo de apenas 500 anos me parece muito pobre, se Cristo veio à terra há mais de 2 mil anos. É possível pensar a uma lacuna de 3 quartos, de 1500 anos?
Tenho certeza que os protestantes tradicionais têm essa consciência, mas talvez os evangélicos deveriam refletir um pouquinho sobre esse tópico e não negar a própria história, o próprio patrimônio espiritual, pois seria privar-se de uma riqueza sem medidas.