O termo "seita" tem uma compreensão negativa, tendo sido uma forma da igreja predominante denominar outras congregações de fé que se separaram da doutrina julgada a correta. Em síntese, é normal que os católicos chamem outras igrejas cristãs de "seita". Isso, obviamente, para o diálogo cristão não é bom, pois afirma a priori a superioridade de uma confissão em relação às outras.
Todavia, em termos de etimologia, o conceito não está errado. A palavra vem do grego "hairesis", que foi traduzido paro o latim como "secta". Tem dois significados básicos: literalmente significa "seguidor", aquele que segue uma certa linha, seja religiosa que de pensamente. Se nos apoiarmos no conceito grego dessa palavra, ela significa também facção, corrente de pensamento. Essas correntes de pensamento não são necessariamente negativas, longe daquela verdadeira. Mas podem também ser um modo de pensar que revela a vontade de Deus.
Em termos de vida cristã, penso que a divisão é um sinal de pecado. Se somos tantas "igrejas", tantas "confissões" (melhor usar esser termos do que "seita") é por que não temos a capacidade de seguir verdadeiramente Cristo, que pediu, desde o início, que fôssemos um. A unidade, é verdade, não significa ideia única, igualdade de pensamento, mas união, compreensão, diálogo. Se não há diálogo, não há verdadeira fé em Deus.
Fica aqui uma pergunta que deveria nos provocar: a minha igreja consegue dialogar com as outras?