Os dois textos que você menciona falam do templo, do serviço religioso. O primeiro trata especificamente do altar, sobre como deve ser o altar a YHWH. Esse texto sublinha principalmente que o altar a Deus não é um altar a divindades estrangeiras, isto é, deve distinguir-se dos altares existentes dedicados a outros deuses. Na verdade, o versículo que você menciona não diz para fazer o altar sem degraus. Vamos ver o texto:

Nem subirás o degrau do meu altar, para que não se descubra a tua nudez.

Portanto, existe uma recomendação em relação ao comportamente necessário diante do altar. É provável que o sacerdote encarregado de sacrificar era vestido com uma simples tanga, como faziam os egípcios. Subir no altar dessa maneira podia ser um pouco indecente. De qualquer forma, o degrau existia.

O outro texto que você cita, Levítico 9,22, fala de Aarão que realiza os sacrifícios, desce o altar.

Confrontando os dois textos, de fato parece um pouco incongruente: no primeiro diz para o sacerdote não subir no altar e no outro vemos Aarão descendo do altar.

Essa incongruência pode ser explicada de diferentes maneiras. Acredito que a mais clara é sublinhar que os textos bíblicos foram escritos em épocas diferentes e os costumes mudavam. Talvez o primeiro texto se refere a tradições mais antigas e o segundo a uma prática posterior.

A Bíblia está cheia de contradições internas. Elas não denunciam a inezateza da Bíblia, mas simplesmente mostram que a mensagem divina se revela na história e se desenvolve conforme a caminhada do povo, até chegar à revelação plena em Cristo.