O vocábulo “cânon” vem de uma palavra semita que significa “cana” (kaneh em hebraico) . Por ser longa, fina e reta, a cana pode ser usada para medir, como hoje usamos o metro; por isso, a palavra para cana veio a denotar uma vara de medida, depois, por extensão metafórica, uma regra, um padrão, uma norma. Com o tempo ela serviu tanto para ser uma medida quanto para representar padrão de alguma coisa, de uma norma de vida, por exemplo.

A relação dessa palavra com o contexto bíblico nasce no Sínodo de Laodiceia (360). A partir desse encontro, os livros da Bíblia são chamados canônicos por que a Igreja os reconhece como normativos para a fé e para a vida dos fiéis, sobre a base do seu conteúdo objetivo.

Em poucas palavras, quando se fala de "Cânon bíblico" se entende a lista dos livros que formam a Bíblia. Traduzindo, o cânon bíblico católico é formado por 73 livros, enquanto que o protestante consta de 66.

A escolha final dessa "lista de livros", para os católicos, aconteceu no Concílio de Trento, há pouco mais de 500 anos. Foi também nesse período que Lutero escolheu deixar fora os 6 livros ditos "deutero-canônicos", fundamentalmente por que não faziam parte do cânon da Bíblia Hebraica. De fato, os seis livros não constam na Bíblia usada pelos hebreus, cuja lista de livros foi definida por volta do ano 90 depois de Cristo, quando foram excluídos todos os livros escritos em grego e aceitados somente livros escritos em hebraico como livros inspirados. A igreja nascente, invés, usava também os livros escritos em grego.

Essa complexa história é contada de forma mais detalhada nesse link.