Novas evidências arqueológicas levantam interrogações e parecem dar força a hipóteses, pouco consideradas antes, sobre a comunidade que morava no mosteiro de Qumran e sobre a relação que ela havia com os escritos encontrados na região, nas grutas próximas.

Depois da descoberta em 1947 de jarras com os escritos do Mar Morto (veja mais) e das escavações em Khirbet Qumràn entre 1955 e 1962, os pesquisadores, começando por Roland De Vaux, concluíram que o lugar com as ruínas era a sede da comunidade hebraica dos essênios, dedicados a uma vida retirada, à prática radical das leis da Torah; e que os textos em questão foram recopiados em uma espécie de biblioteca da comunidade. Os testos contêm as principais régulas étnicas e comportamentais do grupo essênio e parte do Antigo Testamento. Em base a esses princípios resulta automático defender que Qumràn fosse um mosteiro onde moravam os essênios. Quando em 68 depois de Cristo as tropas romanas do exército de Tito conquistou a região da Terra Santa, esses monges teriam escondido todos os seus textos nas grutas próximas ao mosteiro.

A questão levantada é a seguinte: a história é mesmo essa? Identificar os essênios com Qumràn e correto?
Dois arqueólogos Israelianos, Yizak Magen e Yuval Peleg, da Autoridade das Antigüidades Israelianas, depois de cerca de 10 anos de explorações iluminadas por recentes evidências arqueológicas, chegaram a conclusão que as ruínas em questão não têm nada a ver com uma comunidade religiosa - muito menos com os essênios - e que os manuscritos do Mar Morto não foram copiados ali. Eles retêm que ali existia na verdade uma fábrica de cerâmica. Eles publicaram em vários artigos que encontraram em suas buscas milhares de fragmentos de argila de formas nas quais os vasos eram cozinhados e plasmados. Além disso dizem que o complexo sistema de distribuição de água presente no sítio era destinado ao trabalho da argila para a cerâmica: os lugares no Médio Oriente que tinham um tal sistema hídrico eram conhecidos como fábricas de cerâmica. Além disso hipotizam que a atividade produtiva durou mais de 2 séculos, inclusive quando foi destruída pelas legiões romanas.

Os Manuscritos, invés, segundo os dois arqueólogos, foram escondidos nas grutas por hebreus vindos de Jerusalém, que fugiam para o Oriente, escapando dos romanos. Tese também defendida por Norman Golb, porfessor em Chicago.

O mundo acadêmico e o milieu dos biblistas, na sua maioria, manifestou perplexidade em relação as hipótes avançadas pelos pesquisadores de Israel. Os dominicados do Ècole Biblique de Jerusalém se manifestaram contrários. Outro cientista, Gianantonnio Borgonovo, diz: "os estratos evidenciam que Qumràn foi abandonado entre os anos 31 e 4 antes de Cristo; exatamente nesse período o grupo essênio em Jerusalém aumentou. Isso nos conduz à conclusão que o grupo que aumentou em Jerusalém era exatamente as pessoas que haviam abandonado temporariamente Qumràn, para onde voltaram depois da morte de Herodes, como dizem as fontes literárias. Também a existência de uma pequena fábrica de cerâmica não é um argumento válido: os essênio, para terem certeza da pureza daquilo que usavam, fabricavam eles mesmos seus vasos"

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