Essa pergunta está intimamente relacionada com a questão do puro e impuro, um dos elementos característicos da religiosidade do povo da religião hebraica. Em particular, a práxis que você menciona é uma regra que deriva de quanto dito em Levítico 12:
Se uma mulher conceber e tiver um menino, será imunda sete dias (...) Depois permanecerá ela trinta e três dias no sangue da sua purificação; em nenhuma coisa sagrada tocará, nem entrará no santuário até que se cumpram os dias da sua purificação.
Mas, se tiver uma menina, então será imunda duas semanas, como na sua impureza; depois permanecerá sessenta e seis dias no sangue da sua purificação.
É provável que à base da diferença de tempo de impureza entre a mãe de uma menina e a mãe de um menino estejam presente os preconceitos antropológicos ligados ao sexo. É uma questão interessante, mas confesso que não tive oportunidade de aprofundir; com certeza seria interessante ler o que dizem os textos rabínicos. De qualquer maneira, aproveito a oportunidade para propor alguma reflexão sobre o tema do puro e impuro na Bíblia.
Entendendo o puro e impurto
A categoria do puro e impuro, para nós hoje é muito difícil de entender. Normalmente se julga isso como uma característica de religião primitiva, que se inspira no medo e é ligada aos temas da contaminação e da higiene. Apesar dessa impressão, estudos antropológicos mostram como tais categorias servem para definir as fronteiras, para controlar experiências desordenadas, criando, ao mesmo tempo, lugar para refletir sobre a ordem e a desordem, o ser e o não ser, a vida e a morte (Mary Douglas, Pureza e Perigo - veja PDF).
Descendo mais no concreto, na mentalidade antiga o impuro e o sagrado estavam coligados, pois tinham uma força misteriosa. É por isso que deixam quem entra em contato em um estado de proibição. Na prática, o impuro e o sagrado são da mesma forma intocável e quem tem a ver com essa realidade se torna, por sua vez, intocável. Na Bíblia, não se pode tocar um cádaver, mas também não se pode tocar na Arca da Aliança. Assim como a mãe tem que se purificar depois do parto, da mesma maneira o sacerdote precisa trocar a roupa depois do sacrifício.
Ao contrário do que pensamos, não se está falando de uma impureza física e também não de uma virtude do espírito. É simplesmente um estado do qual é necessário sair para retornar à vida normal.
Já na comunidade de Qumran, porém, houve uma tendência a significar o impuro como um estado espiritual e, aos poucos o impuro se tornou uma situação que impede o contato com o sagrado, e passou a ser visto como consequência da transgressão.