Depende muito da interpretação que se dá à palavra "código". Se for, por exemplo, um elemento secreto, escondito no meio das palavras, isso não existe na Bíblia e você pode descartar completamente. De fato, a Bíblia não é um livro secreto, que quer transmitir uma mensagem só para pessoas iniciadas, como pode acontecer com algum outro grupo que exista hoje. A Bíblia é, invés, um livro aberto; é a comunicação de Deus para a humanidade. É revelação e como tal, não se esconde, mas "se revela". O segredo seria contrário à natureza da Palavra de Deus.
Por outro lado, se você entende código como elemento difícil de entender, mensagens que com nossas categorias não conseguimos decifrar, então sim, a Bíblia contém alguns elementos que podem ser incluídos nesse âmbito. Mas não diria que isso se limita ao Pentateuco, aos cinco primeiros livros da Bíblia; é uma realidade presente em toda a Bíblia.
Há muitos símbolos bíblicos que para o povo de então representavam muito e para nós, hoje, não têm mais a mesma carga de significado. Há vários exemplos dessa dinâmica. Pensemos, por exemplo, nas parábolas de Jesus. Quando ele fala de vinha, de plantações, dos rebanhos estava falando com gente que entendia do assunto, lógicas narrativas que eram claras. Para nós, hoje, não dizem diretamente a mesma coisa; podemos somente imaginar. Se quiséssemos entender bem a mensagem ligada às metáforas do mundo agrícula que Jesus usa, deveríamos estudar o contexto agrícula do tempo de Cristo. Alguém que nunca viu uma parreira de uva não entende tão bem quanto um agricultor acostumado a lidar com as uvas quanto é dito em João 15 sobre a verdadeira videira.
Da mesma maneira, se não sei o grego e não conheço o significado e a diferença entre "filew" e "agapaw", não tenho a mesma capacidade de entender o diálogo entre Jesus e Pedro contado em João 21: Pedro tu mi amas? (veja aqui uma explicação).
Comunicação através de códigos
O "código" é um dos elementos essenciais da comunicação. São signos que se utilizam para a transmissão de uma mensagem. A comunicação será eficaz somente se o receptor for capaz de decodificar a mensagem, for capaz de entender o código. Não posso, aqui no site, escrever em italiano se meus leitores não o entendem. O italiano seria o código. Precisaria de alguém que trudizisse tal mensagem para o português para que o leitor (receptor) tivesse condições de entender.
A Bíblia foi escrita em hebraico e grego (e alguns pedaços em aramaico). Graças a Deus, sendo um livro importante, está traduzido para o português. Todavia, há elementos que não logram uma correta transmissão por que trata-se de uma linguagem contextualizada em uma época muito antiga, diferente da nossa. Por isso, para entender bem esse código nem sempre basta a tradução; serve também um pouco de estudo.
Para entender bem a Bíblia é necessário abertura ao estudo, seja através da leitura da própria Bíblia, dos passos paralelos, ou do estudo do contexto que gerou os textos bíblicos. Esse estudo pode ser feito de forma individual, através da leitura de literatura de cientistas ou também através da participação em cursos bíblicos.
