A partir de Gênesis 6,5 começa a narração da história do dilúvio. Abaixo segue o texto segundo a Bíblia de Jerusalém:

5. Iahweh viu que a maldade do homem era grande sobre a terra, e que era continuamente mau todo dsígnio de seu coração.
6. Iahweh arrependeu-se de ter feito o home sobre a terra, e afligiu-se o seu coração.

A Almeida Revista e Corrigida traz:

5 E viu o SENHOR que a maldade do homem se multiplicara sobre a terra e que toda imaginação dos pensamentos de seu coração era só má continuamente.
6 Então, arrependeu-se o SENHOR de haver feito o homem sobre a terra, e pesou-lhe em seu coração.

Na Nova Tradução na Linguagem de Hoje:

5 Quando o SENHOR viu que as pessoas eram muito más e que sempre estavam pensando em fazer coisas erradas,
6 ficou muito triste por haver feito os seres humanos.

Como está no original hebraico

Em hebraico, língua na qual originalmente foi escrito a passagem, temos a expressão "way·yin·nā·ḥem" (veja aqui a lista das passagens onde aparece esse verbo). O verbo básico, como você menciona na pergunta, é nacham (נָחַם). Significa, basicamente "mudar de ideia", "arrepender-se", "dar consolação", "ter piedade".

Como vemos, pode ter diferentes significados (Strong's Hebrew), mas, pelo contexto, fica claro que a tradução apresentada pela Bíblia de Jerusalém e Almeida estão corretas. O Dilúvio é apresentado como uma nova criação. O arrependimento do Senhor só não é radical por que "Noé encontrou graça aos olhos de Yahweh".