Não há base bíblica direta para dar uma resposta a sua pergunta. De fato, a Bíblia não entende as divisões que existem hoje, com diferentes igrejas, cada uma pretendendo ser a fiel a Deus.
Se você quer observar a prática do dízimo, salvando a sua índole central, que é aquela da solidariedade para quem não possui o necessário para levar uma vida digna, pode muito bem dar sua contribuição a algum necessitado, independente da igreja.
O dízimo à igreja serve para os serviços que nela se fazem: pagamento de taxas, promoções de solidariedade e outras iniciativas. Se você não participa de uma igreja, não faz muito sentido contribuir com ela. Mas também acho que não deve contribuir economicamente com uma igreja que não gestiona de maneira transparente as entradas em dinheiro. Sempre digo que tudo o que uma igreja recebe, em termos de dinheiro, deve ser controlado nunca por uma única pessoa, mas por uma equipe, que periodicamente informa a comunidade sobre o que é feito com ele.
Se isso não acontece na comunidade onde participa, sinta-se livre de exprimir suas convicções através da prática do dízimo fora dessa comunidade, sobretudo com obras de caridade, que serão muito mais apreciadas por Deus, que conhece muito bem aquilo que você faz em segredo.