É uma situação que não tem paralelo na Bíblia. Não há um caso de divórcio e vivência dos membros da família em diferentes realidades religiosas. A Bíblia tem como público sempre pessoas ligadas ao judaísmo, no Antigo Testamento, e ao cristianismo, no Novo Testamento. A questão que podia levantar dúvidas era a fidelidade à própria religião. De fato, para os textos bíblicos romper a Aliança com Deus era o pecado fundamental. E isso acontecia quando o Senhor não era colocado em primeiro lugar nas decisões e comportamento das pessoas.

As divisões familiares hodiernas podem provocar muitos problemas, como você provavelmente sente na própria pele. Uma dessas é a educação dos filhos, que ficam divididos entre dois pensamentos, dois modos de educar.

Não sei que idade tem sua filha, mas se é já grande, deixe ela seguir sua estrada. É claro que um conselho sempre pode ser dado, mas não imponha o seu parecer. Se é pequena, ensine para ela aquilo que você acredita ser um valor e assim, mais tarde, terá o seu ensinamento e o próprio parecer para poder decidir a estrada que abraçará.